【2026年12月31日期限】PEZA登録企業の国内販売VAT12%と買主納付｜RR 9-2025→RR 1-2026で何が変わり、いつまでに何をすべきか

PEZA・BOI登録企業（RBE）が国内で行う販売には、2025年2月27日発効のRR 9-2025により、輸出取引かどうかを問わず一律12%のVATが課されるようになりました。さらに特徴的なのは、多くのケースで「VATを納付する義務が売り手であるRBEではなく買い手側に移る」という買主納付（Buyer’s Remittance）の仕組みが導入されたことです。2026年2月16日発効のRR 1-2026ではこの制度が一部見直され、国内市場企業（DME）は通常のVAT申告に戻れるようになりました。本記事では、この一連の変更の中身と、2026年12月31日までに対応すべきシステム改修について整理します。

この記事の要点

• RBEの国内販売はRR 9-2025により一律12%のVAT課税対象に（輸出企業・DMEを問わず）
• B2B取引では、買い手側がVATをBIRに直接納付する「買主納付」が原則（物品は都度BIR Form 0605、役務は月次でForm 1600-VT）
• B2C取引では、従来どおり売り手（RBE）が消費者から受け取ったVATを納付
• RR 1-2026で、DME（国内市場企業）は買主納付の対象から除外され、通常のVAT申告（仕入税額との相殺可）に戻れることに
• レジ・POS・会計システムに「VAT on Local Sales」の表示を組み込むシステム改修期限は2026年12月31日

最終更新日：2026年9月。関連通達の発出に応じて随時更新します。

フィリピンの税務全体の位置づけについては「フィリピンの税務完全ガイド」もあわせてご参照ください。

RR 9-2025で何が変わったのか（買主納付の導入）

2025年2月27日発効のRR 9-2025は、CREATE MORE法を受けて、PEZA・BOI等に登録されたRBE（Registered Business Enterprise）が国内で行う物品・役務の販売について、輸出比率にかかわらず一律12%のVATを課すことを明確化しました。ここまでは想定の範囲内でしたが、実務上のインパクトが大きかったのは、VATの納付義務の所在です。取引の相手方が事業者か消費者かで扱いが分かれます。

B2B取引では、RBEは請求書にVATを「VAT on Local Sales」という項目で区分表示したうえで、VAT抜きの金額を買い手から受け取ります。買い手側が、区分表示されたVAT相当額を自らBIRに直接納付する仕組みです。これは、RBEの多くが本来輸出取引中心でゼロレートの還付処理に慣れている一方、国内販売分のVATを都度確実に徴収・納付させる目的で導入されたとみられますが、買い手側からすれば「仕入先が変わるたびに自社でVATを納付する事務が発生する」という新たな負担になりました。

たとえば、PEZA登録の輸出型製造業A社（Export Enterprise）が、国内の日系商社B社に部品を100万ペソ（VAT抜き）で販売したとします。A社はB社に100万ペソを請求し、請求書には別途「VAT on Local Sales 12万ペソ」と表示します。B社はA社に100万ペソを支払い、12万ペソのVATはA社を経由せず、B社自身がBIR Form 0605で直接BIRに納付します。A社にとっては自社の帳簿上でVATの受け払いが発生しない一方、B社にとっては通常の仕入とは異なる申告事務が毎回発生することになります。

RR 1-2026で何が見直されたか（DMEの除外）

買主納付の仕組みは、特にDME（Domestic Market Enterprise：国内市場企業）から強い懸念の声が上がりました。DMEは元々、国内販売を主たる事業とする登録企業で、通常の内国法人と同様に売上に係るOutput VATから仕入に係るInput VATを控除する形で日々のVAT管理を行っています。ところが買主納付の対象になると、Output VATを買い手が直接納付してしまうため、DME側で仕入税額（Input VAT）との相殺ができなくなり、還付待ちの滞留Input VATが積み上がるという構造的な問題が生じていました。

この懸念を受けて、2026年2月16日発効（3月3日施行）のRR 1-2026では、DMEの国内販売について買主納付の仕組みを適用対象から除外し、DME自身が通常のVAT課税事業者として申告・納付する扱いに戻すことが明確化されました。これにより、DMEは従来どおりOutput VATとInput VATを相殺しながら申告できるようになります。一方、輸出企業（Export Enterprise）が行う国内販売については、引き続き買主納付の仕組みが適用される点に注意が必要です。自社がDMEと輸出企業のどちらの区分で登録されているかによって、取引ごとの実務対応が変わってきます。

システム改修の期限はいつか

RR 9-2025では当初、レジ・POS・会計ソフトなどの請求書発行システムに「VAT on Local Sales」の区分表示を組み込む改修期限が2025年12月31日とされていましたが、RR 1-2026によりこの期限が2026年12月31日まで延長されました。対象となるのはPEZA・BOI等に登録されたRBEで、国内販売を行う可能性がある企業は、期限までにシステム上でVATの区分表示ができる状態にしておく必要があります。期限に間に合わない場合、請求書の記載不備を理由に取引先からの信頼を損なうリスクや、税務調査で指摘を受けるリスクが生じ得ます。

優遇税制の枠組みは2024年のCREATE MORE法（RA 12066）で改正されており、詳細は「CREATE MORE法で優遇税制はこう変わったか」で解説しています。

実務上、今から確認しておくべきこと

自社がPEZA・BOI登録企業として国内販売を行っている、またはこれから行う予定がある場合、まず自社がDMEと輸出企業のどちらに区分されるかを確認することが出発点になります。DMEであれば通常のVAT申告に戻れるため、既存の経理フローへの影響は限定的です。一方、輸出企業が国内販売を行う場合は買主納付の対象になるため、取引先（買い手）に対して、VATの区分表示や納付義務の所在についてあらかじめ説明しておくことが望まれます。また、買い手側の立場としてRBEから物品・役務を購入する日系企業も、自社が買主納付の義務を負う可能性があることを踏まえ、経理システム・支払フローの見直しが必要になる場合があります。累積したInput VATの還付請求についても、買主納付の対象取引が多い場合は還付手続の実務を別途確認しておくとよいでしょう。

PEZA登録企業のその他の年次コンプライアンス（ITH終了判定、5%GIE/EDRへの移行手続など）については、別記事「PEZA登録後の税務コンプライアンス完全ガイド」で扱う予定です。PEZA・BOIどちらに登録すべきかの検討段階については、既存記事「PEZA・BOIインセンティブの最適な選び方」もあわせてご参照ください。

よくある質問

買主納付の対象になるのはどんな取引ですか？

PEZA・BOI等に登録されたRBE（輸出企業）が、国内の事業者（B2B）に物品・役務を販売する取引が対象です。買い手が消費者（B2C）の場合や、買い手が政府機関の場合は異なる扱いになります。

DMEとはどう判定しますか？

CREATE MORE法上の登録区分（Export EnterpriseかDomestic Market Enterpriseか）によって判定されます。自社の登録証明書やPEZA・BOIとの登録内容を確認する必要があります。

システム改修が2026年12月31日に間に合わない場合、罰則はありますか？

本記事執筆時点で具体的な罰則規定は明確化されていませんが、請求書の記載不備は税務調査での指摘対象になり得るため、期限内の対応をおすすめします。

買主納付の対象取引で、買い手が納付を怠った場合はどうなりますか？

買い手が納付義務者となるため、納付漏れがあれば買い手側が加算税・延滞利息の対象になり得ます。取引先がRBEかどうか、自社が買主納付の対象取引を行っているかどうかを日頃から把握しておくことが重要です。

日系企業がPEZA登録の輸出企業から仕入れている場合、何を確認すべきですか？

まず仕入先がPEZA・BOI登録のExport EnterpriseかDMEかを確認します。Export Enterpriseからの国内購入であれば、自社が買主納付義務を負う可能性が高いため、請求書のVAT区分表示を確認し、経理システム上でForm 0605（物品）またはForm 1600-VT（役務）による納付フローを整備しておく必要があります。

まとめ・専門家への相談

PEZA・BOI登録企業の国内販売にかかるVAT実務は、RR 9-2025からRR 1-2026にかけて短期間で二度見直されており、今後も運用の明確化が続く可能性があります。自社がDMEと輸出企業のどちらに区分されるか、取引ごとに買主納付の対象になるかどうかの判定は、個別の登録内容によって異なるため、具体的な適用可否は専門家への相談をおすすめします。カメリアコンサルティングでは、PEZA・BOI登録企業のVAT実務対応、請求書システムの改修サポートにも対応しています。

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執筆・監修：日比野和樹